Aby oceniać efekty, jakie przynosi ministerialny program kierunków zamawianych, należy najpierw poznać jego założenia. Jak podaje MNiSW - program, który realizuje od 2008 roku przynosi efekty, które w pełni zgadzają się z założeniami.
Ministerstwo, w odpowiedzi na publikację "Dziennika Gazety Prawnej" przytacza analizy i posiadane dane, jako dowód, który przeczy tezom artykułu.
"W publikacji nie uwzględniono realizowanych w Programie działań w zakresie innowacyjnego kształcenia na tych kierunkach studiów, sprowadzając efekty Programu tylko do liczby absolwentów. Zaprezentowane w publikacji ujęcie, polegające na użyciu liczby absolwentów kierunków zamawianych jako jedynego wskaźnika weryfikacji efektów Programu jest błędne także z tego powodu, że projekt jest nadal na etapie realizacji i nie jest jeszcze możliwe podanie ostatecznej liczby absolwentów.
W pilotażu uczestniczy od 2008 roku 2002 studentów w 46 uczelniach, ale obecnie tylko w 2 uczelniach Program został zakończony. W przypadku pozostałych studia 6– lub 7-semestralne jeszcze trwają. Według informacji nadsyłanych przez uczelnie ponad 90 procent studentów przystąpi zgodnie z planem do obron prac w lutym/marcu 2012 roku. Nie jest też prawdą, że stopień licencjata zdobyło w tym roku tylko 20 proc. osób (148 osób), ponieważ spływające na bieżąco dane mówią o 273 absolwentach, a liczba ta systematycznie rośnie."
Jak zapewnia resort, program jest na bieżąco monitorowany i weryfikowany pod kątem realizacji zakładanych celów przez MNiSW oraz instytucje zewnętrzne. Pełne efekty Programu i osiągnięte ostateczne wskaźniki zostaną podsumowane i przedstawione na zakończenie jego realizacji.